В начале 900-х годов страну охватил кризис промышленности, какого Россия еще не знала. Резко сократились размеры производства, классовая борьба обострилась. Все свидетельствовало о назревании в стране революционной ситуации.
Несмотря на кризис, правительство продолжало строить железные дороги, хотя и в меньшей мере, и гарантировало предпринимателям немалые «железнодорожные займы». И на этот раз казна не обидела Алтайский завод своими заказами. В связи с этим производится новая реорганизация производства.
Алтайский завод хорошо обеспечивал себя металлом. Кризис металлургических заводов Юга России позволил ему покупать там по очень низким ценам как чугун, так и всякие стальные изделия.
Постройка паровозов проходила интенсивно, особенно в 1901 году. Почти каждый день — паровоз! Таких темпов завод не знал за всю свою историю. Завод имел 90 казенных и частных заказчиков на локомотивы.
Интенсивно работал и вагонный отдел. В 1900 году в нем изготовили 1820 вагонов — рекордная цифра для завода. Также рекордным был выпуск в 1903 году мостовым отделом 400 тысяч пудов железных изделий.
В разгар промышленного кризиса на рынке России появился новый ходовой товар — двигатель внутреннего сгорания системы Р. Дизеля (1897), коэффициент полезного действия которого был значительно выше, чем у паровой машины.
Бакинский нефтепромышленник Э. Л. Нобель приобрел в Германии право на постройку этих двигателей и на своем петербургском машиностроительном заводе «Людвиг Нобель» (ныне завод «Русский дизель») изготовил первый промышленный дизель (1899), топливом для которого была сырая нефть. Нуждаясь в широком сбыте нефти, Э. Л. Нобель в июле 1902 года продает Алтайскому обществу патент на постройку дизеля за 50 тысяч рублей и заключает с ним выгодный для себя договор.
После завода Нобеля Алтайский завод стал вторым в России дизелестроительным предприятием. Он своими силами прокладывал путь в этой технически сложной и трудной области, но не без помощи и поддержки со стороны правительства. Через два месяца после подписания с Нобелем договора завод получил большой заказ от Управления казенных железных дорог на постройку 12 двухцилиндровых дизелей (по 150 лошадиных сил каждый) и 24 быстроходных насосов «экспресс» системы профессора Ридлера. Дизели и насосы предполагалось установить на трех перекачивающих станциях в то время сенсационно длинного в мире (895 километров) керосинопровода, который прокладывали вдоль Закавказской железной дороги Баку — Батуми (его строили в 1897—1907 годах).